安东都护府中央司令部在长安安东国公府成立，先是由许青确定正副司令、正副参谋长、参谋人员，然后仿照征东时的司令部下设作战科、情报科、军务科、医务科、后勤科，并增设政务科和军务审核科、政务审核科、财务科。
李智卓任作战科科长，李长青任情报科科长，见不得光的叶小蝶、夏小雨、媚儿、贾全和东瀛美女氏野惠香为编制外高级科员，分任编制外的情报十一、十二、十三、十四、十五行动处处长，
不在情报科上班，直接向许青汇报工作，每处三、六百人不等，秘密开展安西四镇及东*突*厥、西*突*厥、吐蕃、大食帝国、范阳、辽东、契丹、奚族、东瀛的情报工作。
大唐贸易公司、大唐商业公司、龙门镖局西部地区主要负责人赵拓志、冷若海，
东部地区主要负责人赵拓才、杨雄才、崔猛、聂轻协助情报科行动十一、十二、十三、十四、十五处的工作。
情报科编制内设十个行动处，每处五十至一百人不等，分管原高句丽地区、原百济地区、新罗的情报工作，处长都从随许青征东的右武卫军军官中挑选。
大唐贸易公司、大唐商业公司、龙门镖局朝鲜半岛主要负责人杨紫嫣、杨义、崔镇海、季雨生、罗辉亮，安东都护府三个副都护薛仁显、薛仁义、田文耀协助情报一至十处工作。
薛金莲任军务科科长，贺秋荣、宣城公主、义阳公主、燕王四个郡主、贺兰敏月任科员，下辖通讯营。
李治推荐的御医方石任医务科科长，治病的对象是许青掌控的在长安的军队官兵和商业组织、江湖组织成员，同时开展医学、医药的研究工作，主要研究从中草药中提取麻醉药、抗细菌药和抗病毒药、止血生肌药。
杨庄若任后勤科科长，下辖火头军（相当于现在的炊事班）、运输军、仓库管理军等。
军务科不再管政令、政务，只管起草、下发、管理军令和军事文书，并接收下级单位上传的军事文书；政务科不管军令、军务，只管起草、下发、管理政令和政府文书，
并接收下级单位上传的政府文书。如果命令和文书与军务和政务都有关，则要由军务科和政务科共同管理和下发。
安东都护府中央司令部所有需要下发的命令、文书都是由正、副司令下达的命令、指示，其他人无权下达命令、指示，由军务科或者政务科起草，
由军务审核科或政务审核科审核通过，涉及军需品、军械、财务的，还需财务科审核通过，才能下发给安东都护府执行。
因为暂时没有战事，作战科科长李智卓没事可做，许青让他研究军事训练和演习，重点是提高单兵素质。
许青的理念与唐朝的将领们大不相同，唐朝是拼将的时代，俗话说千军易得，一将难求，两军对垒，动不动就将领上前单打独斗，若将领战败或战死，则全军士气低落，士兵不战而逃，或者不战而降，后面的仗都不用打了。
许青的理念则是大幅提高士兵的素质，每个合格的士兵都有将领的武功，并掌握战场生存技能和基本的战术。每一个兵都能成为兵中之王，以一挡十，乃至以一挡百，
成千上万个高素质士兵再训练出协同作战能力，每个士兵都至少具备校官的指挥能力，那么士兵就会很容易理解长官的军事意图，就算在战场上因通讯不便而指挥不畅，士兵也能见机行事，自己指挥自己。
古代有“一将功成万骨枯”的说法，只要能打胜仗，哪怕一万个士兵战死，将领还是能立军功。许青是未来世界的军人，重视每一个士兵的作用，重视每一个士兵的生命，
只有保存部队的有生力量，才有打胜仗的机会，若一支一万人的部队，一万个士兵都战死沙场，只剩一个将军独活，他又怎么可能打胜仗、立军功？