接触到钱恒的本体，而这些物质在运动中又与地幔生命接触，于是这些古老生命无可避免的，被这陈昂改造过的究极战体影响，开始向着神级生命进化。
这种随机的进化自然没有那么容易成功，即使托庇于钱恒本体，数百万地幔生命也只有十六个个活了下来，其中十三个意识崩溃，躯体变得千奇百怪，成为有着神级力量却疯狂无比只知道破坏的怪物，另外三个地幔生命则变成了人形，勉强保留了意识的同时智慧大增，发现自己实际上成为了钱恒本体的傀儡。
活下来的三人自然不想成为傀儡，他们认为只要待在地幔，那么很快就会被钱恒的本体同化，最终失去自我意识。
三人组团出发，冲开阻隔来到地表，以为只要离得够远就可以不受钱恒本体的影响，然而这一切只是他们想当然，在来到地表之后，他们发现距离并不能削弱他们跟钱恒本体的无形联系，自由意志的衰退始终在稳步进行。
三人的庞大躯体根本无法掩饰，联邦政府也发现了他们的存在，并与三人取得了联系，这些地幔生命虽然力量惊天动地，性格却单纯蠢萌，对联邦政府并没有提防，于是人类很快得知了他们的困境。
联邦政府召开了数次会议后，决定帮助这三人摆脱控制，并提出了一个可靠的方案，这个方案就是让他们转生成为人类，通过不断的生死轮回，削弱钱恒本体的控制。
这个方案唯一的问题，是他们的记忆无法保留，但自由的意志却能留存。
刚刚获得了自我意识的三人同意了这个方案，他们本来就没有什么刻骨铭心不能忘却的记忆，于是三人在联邦政府的安排下，携带自我意志转生成了最初的碇真嗣，绫波丽和明日香，而他们三人的肉体，也落入了联邦政府手中。
时间一晃过了十三年，钱恒的本体微微变化了一下姿势，导致地壳最为薄弱的太平洋中嵴地区出现了一个大洞，无数岩浆涌出的同时，之前活下来的一个疯狂的地幔生命从大洋中走了出来，登上了北美大陆。
有着真神力量的怪物开启AT力场，人类根本对他无可奈何，星球地表最强悍的国度，在被其肆虐了一个月之后，就彻底成为了废墟。
危难之时，SEELE组织提出了一项计划，让转生的绫波丽三
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