对于新军的编制，在经过与戚继光的战斗后，做为总设计师的李虎重新做了改编，最终的编制如下。
最基础以及最小的步兵单位是排，一排人数从原来120人缩减为100人，百名士兵里有二十四名士兵兼任最小的军职组头，二十四组头里又有两人分别担任排头和副排头，共计士兵76人军官24人，士兵军官比为9.5比3，每6名军官里有19名士兵。战斗方式分远程射击、近战肉搏两种，装备燧发枪，远程射击成排举枪射，近战则分团战和混战。团战则继续保持排面，端起刺刀如枪阵般前压；混战又名散战，以组为单位由各组头率领，各组配合成建制的在混战中猎杀敌军。
武器为燧发枪、定装弹药、刺刀三把（两把备用），军官则增加短刀一把。装备为统一的赤红色棉布制衣裤，鞋子为夏天布鞋冬天暖短靴，人均内戴赤色幞头。士兵外罩赤色圆笠形似荷叶兜，但为平头无羽缨；军官外戴赤色简易武人筋盔，尽量简单便于快速打造赶制。无论军官还是士兵，全部装备半胸板甲，只保护躯干四肢外露。
排的基础上，列阵三排为战斗队形，另增设两排做为预备队补充轮换，共计士兵500人。每队设置正副队头各1人，持旗手3人，军乐手18人专司简易号令。军需军官1人，配套伙夫派发食物，取水砍柴做饭等二线辅兵106人。共计战辅士兵及军官630人。
（以下论述不再计算二线辅助士兵）
队级往上，每五队人编为一个战术团，既两队正面接敌，一队负责迂回侧面击敌，一队负责保护己方侧翼，一队担任预备队，共计士兵2500人。每团设置正副团头（又名偏将、侍将、郎将、团将）各1人，配属团直属侦察骑兵15骑或18骑，传令骑兵30骑，宪兵100骑专管军律，团属军需官辅兵等。
战术团往上，每三个团编为一个战术部，既执行正、奇、预备三种团，共计士兵7500人。每部设置正副部头（又名部将、上将）各1人，同样配属侦察骑兵、传令骑兵、宪兵骑兵、军需辅兵等。
另有部直属骑兵团，人数300骑到500骑不等，装备北海马两匹、驮马一匹，燧发手枪3把，骑兵长枪一杆，骨朵一根，全套板甲防护全身。
部直属猎兵团，人数100人或不足百人，装备有膛线的燧发枪，无刺刀配备短刀，无甲且可以选择无盔，其余与普通步兵同，并且允许在战况不利时逃跑；任务，专司狙杀敌方军官。
部直属掷弹兵团，人数1500人左右，挑选高大强壮士兵充任，装备投掷炸弹，担当精锐全员佩戴赤色武者盔。
一部战斗士兵万人上下，姑且按1万人计算。三个战术部，同样的正奇和预备，编组为一个军，设置大将一人副将两人，另有左右军师两人负责参赞军机，置军直属骑兵团组成的护卫队。
除此之外，还有军直属炮兵团、工兵团、辎重部和医护部，战斗兵力不少于3万人，全军总兵力能达到5万上下。
…………
“步兵的编制编组已经定好，以当下国力循序渐进，满足八郡24万兵应当不难，今天来议骑兵。养骑兵耗费极大，议点有三，其一骑兵独立成军，还是分散在各团部军直属；其二，编制敲定，不再轻易改动；其三，我唐骑兵侧重那一面，往后将帅出征该如何运用。”